⑴ 神奇宝贝有哪些电影
1. 《神奇宝贝：超梦的逆袭》
《超梦的逆袭》是一部由《神奇宝贝》动画系列总导演汤山邦彦导演的1998年日本动画电影。这是《神奇宝贝》动画系列第一部剧场版。
2. 《神奇宝贝：梦幻之神奇宝贝洛奇亚爆诞》
这部电影背景设定在橘子群岛，小智一行刚刚来到亚西亚岛的时候。此行期间他们发现了火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟三只传说中的神奇宝贝。与此同时，一个名为吉尔露太的神奇宝贝收藏家尝试捕捉三只神鸟以唤醒洛奇亚。
3. 《精灵宝可梦：雪拉比穿梭时空的相遇》
《精灵宝可梦：时拉比穿梭时空的相遇》是一部汤山邦彦导演根据《精灵宝可梦》系列动画制作的2001年日本动画电影。这是《精灵宝可梦》的第四部剧场版，于2001年7月7日在日本电影院上映。标语为“好想与这样的宝可梦相遇”。
4. 《神奇宝贝：水都的守护神拉帝亚斯和拉帝欧斯》
《水都的守护神 拉帝亚斯和拉帝欧斯》讲述了小智一行人在城都地区的奥多马雷的旅行，故事主要讲述了一行人在旅途中结识拉帝亚斯与拉帝欧斯，并帮助其化解危机的故事。剧场版主要取景于意大利威尼斯。
5. 《神奇宝贝：骑拉帝纳与冰空的花束洁咪》
《骑拉帝纳与冰空的花束 洁咪》的主要场景取自挪威的卑尔根、约斯特达尔冰河、松恩峡湾、富洛姆等地，主要讲述了小智一行人帮助骑拉帝纳和洁咪保护反转世界和葛拉西蒂亚花田的故事。
6. 《神奇宝贝：阿尔宙斯超克的时空》
《阿尔宙斯 超克的时空》中被着重展现的是创造神奇宝贝阿尔宙斯。主要讲述了小智一行同骑拉帝纳、帝牙卢卡和帕路奇犽平息阿尔宙斯怒火的故事。
7. 《神奇宝贝：破坏之茧与蒂安希》
《破坏之茧与蒂安希》是汤山邦彦导演的一部2014年日本动画电影。它是神奇宝贝剧场版系列的第十七部作品，也是《神奇宝贝XY》的第一部剧场版。标语为“神奇宝贝剧场版，新次元！”、“世界，将被神圣光辉所包覆”。电影于2014年7月19日在日本电影院上映。
8. 《精灵宝可梦：就决定是你了！》
故事回归动画系列的原点，讲述的是小智和皮卡丘相遇，作为精灵宝可梦训练师踏上冒险之旅，和伙伴们寻找凤王。
9. 《精灵宝可梦：大家的故事》
人们与风共存的城市“风良市”一年一度举办的“风之庆典”。
根据从古流传至今的传说，传说的宝可梦“洛奇亚”会在庆典的最后一天降临，并带来恩惠之风。因此，各个怀有志向的人们汇聚于这座城市，来参加庆典……
10. 《神奇宝贝：幻影的霸者索罗亚克》
《幻影的霸者 索罗亚克》（剧场版ポケットモンスター ダイヤモンド&パール 幻影の覇者 ゾロアーク）是一部汤山邦彦执导的日本动画电影，是《神奇宝贝钻石与珍珠》的第四部剧场版，也是神奇宝贝剧场版的第十三部作品。作品于2010年7月10日在日本首映。
⑵ 神奇宝贝：阿尔宙斯超克的时空的电影剧情
小智、小光和小刚与他们的神奇宝贝们来到了米季纳。一行人在前往小镇中的神殿的路上路过了一座湖泊。一条条水龙卷突然自湖中卷起，但一对兄妹希娜和克宾召唤出帝牙卢卡，后者平息了龙卷风。骑拉帝纳这时出现，但希娜凭借自己与神奇宝贝心灵相通的能力，平息了二者的争端，将骑拉帝纳送回了自己的维度。帕路奇犽随后来到，将帝牙卢卡和希娜自另一突然出现的水龙卷中救出。希娜和克宾后将小智一行领到了神庙，并解释说他们一直在调查时空的相互扰乱，并担心创造出世界并使骑拉帝纳、帝牙卢卡和帕路奇犽相遇的阿尔宙斯的即将到来的苏醒。
希娜解释说，数个世纪前，阿尔宙斯曾保护地球免受流星雨风暴的袭击，并在其间失去了自己的十六个石板而奄奄一息，但被一个名叫达摩斯的人救起。心存感激的阿尔宙斯融合了自己的五个石板，融合成了生命宝玉，后者将原本荒芜的米季纳变成了富饶的土地。阿尔宙斯要求达摩斯归还生命宝玉，但达莫斯背叛并偷袭了阿尔宙斯。阿尔宙斯负伤而被迫长眠，但许下“当我下一次醒来后将对人类进行制裁”的誓言。希娜称达摩斯是自己的祖先，自己现在保管着真正的生命宝玉，并打算将其归还以使人类躲过一劫。阿尔宙斯如期而至，希娜将自己保管的生命宝玉交还给了阿尔宙斯，但发现生命宝玉是赝品。震怒的阿尔宙斯被其创造的骑拉帝纳、帝牙卢卡和帕路奇犽。希娜要求帝牙卢卡将小智、小光、小刚和希娜送回了达摩斯背叛阿尔宙斯的那一天，但帝牙卢卡将一行人送往了更早一些的时间，一行人被达摩斯的部下奇辛和他的席多蓝恩逮捕。
小智一行、皮卡丘和圆企鹅被投入牢房，但后二者被锯齿耳皮丘救出。一行人见到了同被奇辛——真正的背叛者，通过青铜钟的催眠术使达摩斯成为自己的傀儡——囚禁的达摩斯。在对奇辛的真实面目一无所知的情况下，希娜告诉了奇辛未来发生的一切。皮卡丘、圆企鹅和锯齿耳皮丘救出了小智一行和达摩斯。阿尔宙斯这时到来，以取回生命宝玉。手持奇辛的权杖，被骗的希娜成为了背叛阿尔宙斯的人。阿尔宙斯被银水和电磁波攻击，陷入了深井中。奇辛的意图不言而喻：杀死阿尔宙斯以改变未来。希娜和达摩斯利用自己的能力解除了奇辛对发动攻击的包括席多蓝恩和青铜钟在内的神奇宝贝们的控制。与此同时，小智自奇辛手中夺回了生命宝玉。
小智来到阿尔宙斯身旁，却发现阿尔宙斯濒临死亡。未来的改变导致了小智一行人开始逐渐消逝。达摩斯借助自己的力量来到了阿尔宙斯愤怒的心旁，恳求阿尔宙斯拯救未来。阿尔宙斯吸收了生命宝玉，恢复了自己和来自未来的人们的生命力，并将自己的救命恩人们带出了即将坍塌的神庙。小智、小光、小刚和希娜回到了未来，但发现阿尔宙斯依旧愤怒，并已经击垮了帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳。由于历史的改变，阿尔宙斯认出了小智，因而复原了自己所破坏的事物并治愈了帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳。小智一行注意到，达摩斯为感谢他们拯救了世界，将他们刻在了壁画上。意识到自己原来也是自己所创造的世界的一部分的阿尔宙斯，同其追随者们回到了各自的维度。
⑶ 神奇宝贝：神速的盖诺赛克特超梦觉醒的电影剧情
盖诺赛克特军团来到了雪山深处、曾是其故乡的地方。然而，三百万年已经过去，该地已不适合定居。突然，雪崩到来，超梦出现并救下了五只中的四只盖诺赛克特。超梦凝视着持有水柱卡带的盖诺赛克特，发现后者正在寻找自己的家园。而超梦未能救下的赤红盖诺赛克特突然出现，并对超梦展开攻击，随后盖数桥诺赛克特军团离开。他们发现了自遥远的地平线处出现的城市轮廓，并错将其当作了自己的家园，随即赶往了纽特市。
小智一行人来到了纽特市，他仔巧们的导游艾利克将他们带到了自然公园——还未对外开放的神奇宝贝山庄中。在那里，小智一行很快与水柱卡带的盖诺赛克特成为了朋友。这时，赤红盖诺赛克特和闪电卡带的盖诺赛克特现身并认为小智正在伤害水柱卡带的盖诺赛克特，随即发动攻击，并强迫友好的盖诺赛克特一同攻击。超梦尾随而至，保护了小智一行，盖诺赛克特随后离开。
当晚，盖诺赛克特们开始入侵并控制神奇宝贝山庄，赶走了所有其他的神奇宝贝以构筑一个巨型的茧，并造成了城市电力系统故障。小智、艾莉丝和艾利克随即深入地下，试图检修故障。尝试失败，一行人进入了神奇宝贝丘陵，与友好的盖诺赛克相遇。这只古生代神奇宝贝走到漂浮着欧露塔丝之花的池塘旁边，解释说这些花曾经在它们的家乡绽放过。
事实证明，盖诺赛克特们正在山庄内构筑自己的新家。一只原本居住于此的大力鳄向虫茧和赤红盖诺赛克特发动了攻击后被打飞，超梦再次出现将其救下。在劝阻无用后，超梦和盖诺赛克特在纽特市市区展开了高速追逐。与此同时，原本居住于丘陵上的神奇宝贝们与火焰卡带、冰冻卡带、闪电卡带的盖诺赛克特开战，赤红盖诺赛克特被迫回援。而友好的盖诺赛克特为小智挡下了其他盖诺赛克特的攻击并昏厥。超梦同时与四只剩下的盖诺赛克特对抗并占到了上风，但在其间虫茧起火。
友好的盖诺赛克特这时醒来，试图扑灭火焰。其余的神奇宝贝们也一起行动起来，同时保护着其余四只盖诺赛克特不为火情所伤。这时，盖诺赛克特们终于意识到其他的神奇宝贝们并非敌人，并将小智从即将塌落的大梁下救走。超梦和赤红盖诺赛克特的战斗仍在持续，前者被击中倒下，后被小智救起。超梦和赤红盖诺赛克特再次动手之际，小智冲上前来挡在二者中间。就在这时，其余的四只盖诺赛克特挺身而出站在了小智面前，并请求他们的首领罢手。然赤红的盖诺赛克特坚称他们是自己的敌人，并再次开火，超梦挡下了攻击，并用超能力将其带上了太空。在对地球的美丽感到震撼的同时，赤红盖诺赛克特意识到所有的人类、神奇宝贝们都是自己的朋友。在外太空终是无法生存，二者开始极速跌落。在其余四只盖诺赛克特和野生神奇宝贝们的努力下，它们借助一个大水球接住了超梦和赤红盖诺赛念毕键克特。
晨辉照耀下，小智望向一旁的池塘。注意到水中的欧露塔丝之花，小智联想起先前于神奇宝贝中心见到的欧露塔丝之花的相片。艾利克带着一行人和盖诺赛克特们来到了相片的拍摄地、欧露塔丝之花自然生长的地方——阿尔萨斯公园（アルサス自然公园，暂）。盖诺赛克特们在这里再次开始搭建自己的茧。超梦感谢小智为盖诺赛克特们找到了自己的家园，超进化为百万超梦Y飞走。
⑷ 神奇宝贝：决战时空之塔帝牙卢卡VS帕路奇犽VS达克莱伊的电影剧情
影片序幕中，一位名叫东尼欧的科学家正在阅读他曾祖父——一位着名建筑家——的日记。日记中说，两只神奇宝贝及其所在次元的碰撞、对抗将会带来混乱。这些写在纸上的预言、扭曲空间的帕路奇犽和掌控时间的帝牙卢卡的战斗同时出现，使得东尼奥实验室里的沙漏掉落并被打碎。
为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人正在前往白杨镇。但他们发现白杨镇在一座湖泊的正中央。这时，艾莉丝和她的小火猴同疲惫的他们打了招呼，并邀请他们一同搭乘热气球。艾莉丝是一名导游兼音乐系学生，会演奏草笛。在前往镇子的路上，两个次元的战斗仍在继续，并造成了大量气流冲击。艾莉丝之后载着他们来到了白杨镇。
艾莉丝带领他们来到了栖息着许多神奇宝贝的镇公园。小智一行人释放了所有神奇宝贝并让其自由活动，但紧接着便造成了混乱。神奇宝贝们一开始争吵，艾莉丝就用草笛吹奏了已故祖母教给她的乐曲，平复了它们的情绪。紧接着，一只艾路雷朵跳入了场景。艾莉丝猜测它感觉到了异常，与此同时，艾路雷朵示意小智一行跟随它。三人组换回了所有神奇宝贝并跟随
艾路雷朵，在一个有数个损毁台柱的小庙前停下。艾伯特男爵自洞穴中出现，并称这是由达克莱伊引起。达克莱伊的名字使得小智和小光感到疑惑，但小刚想起达克莱伊是会引起噩梦的神奇宝贝。就在这时，所有人都听到附近的灌木丛中有响声传出，艾伯特男爵随即命令大舌舔使用破坏死光攻击灌木丛。东尼奥尖叫一声摇晃着甩出了灌木丛。艾莉丝冲上前去为东尼奥疗伤。
东尼奥被介绍给小智三人认识。男爵借机跟艾莉丝接近并暗示两人终将成婚。在场的人均为这一幕所惊讶。艾莉丝严词拒绝并跑向东尼奥，郑重声明她喜欢的是后者。不一会儿，达克莱伊在花园中现身。男爵下令大舌舔对其攻击，被达克莱伊闪避后以黑洞反击。男爵的大舌舔闪避了攻击，但黑洞击中了小智，使其陷入了噩梦。噩梦中，帕路奇犽冲向小智并发动了攻击。小智刚刚意识到这是达克莱伊营造的梦境，达克莱伊便出现在了他面前，小智掏出了神奇宝贝球并扔了出去，但球凭空消失了。达克莱伊也随之不见，但皮卡丘出现在达克莱伊先前所在位置的身后，正要被深渊吞没。小智冲向皮卡丘，并试图救起它。失败后，二者一同落入了无尽深渊。小智随即被皮卡丘的电击唤醒。当夜，东尼欧成功获得了更多信息。他发现达克莱伊在多年前曾对艾莉丝的祖母敞开心扉，自此便留在了花园中。高迪也目睹了其间的部分事情。与此同时，艾伯特男爵与三位火箭队扮演的电视台记者见面，后者声称要拍摄男爵击败达克莱伊的纪录片。
次日凌晨，小智一行来到了时空之塔，与东尼欧见面并了解了更多信息。他们登上塔顶，并被介绍了解了塔的发声原理。在小智一行人刚离开时空之塔后，塔顶的半空中出现了一个空洞，随即消失。大量的冲击波扫过整个镇子。东尼欧决定对突然的能量爆发进行研究。之后，达克莱伊在庭院中再次现身并与小智发生了遭遇战。达克莱伊愤怒地将围攻它许多的神奇宝贝打入噩梦。回到东尼欧的实验室，在进行了更加深入的研究后，他发现这次爆发源自于传说中的神奇宝贝帕路奇犽因为一个未知的原因强行进入了他们的空间。小智和男爵追逐达克莱伊进入了一个幽暗的小巷，达克莱伊借机对男爵的大舌舔发动了正面攻击，并使其失去战斗能力。在此时，男爵突然变成了大舌舔。之后，许多鬼影一样的在先前陷入沉睡的神奇宝贝们在镇子里四处飘荡，使得情形愈发诡异。
在所有神奇宝贝均聚集在神奇宝贝中心，白杨镇被大量不可清除的浓雾笼罩。这使得所有尝试离开镇子的人和神奇宝贝都被逆转而再次进入小镇，并让他们无法逃离。男爵仍坚信这是达克莱伊一手造成。所有训练家在男爵的带领下围攻达克莱伊，但小智一行则听取了不相信这个观点东尼欧的建议，没有参加行动。由于达克莱伊救起过从悬崖上跌落的艾莉丝，东尼欧认为它是善良的。东尼欧讲起他们二人在花园中游玩时，艾莉丝被绊倒并从悬崖上摔下。东尼欧跑向艾莉丝，但达克莱伊的身影突然冲出，在救起艾莉丝的一瞬突然消失。听到这里，小智一行终于相信这场大混乱并不是达克莱伊造成。东尼欧解释时空的扭曲和精神化的神奇宝贝影像的出现是由于帕路奇犽侵入了领域而造成了多维度的干扰。当晚，东尼欧发现帕路奇犽正在塔顶休养。正在与男爵战斗的达克莱伊，转而决定攻击帕路奇犽。小智突然意识到达克莱伊曾试图在恶梦中对他透露两只传说中的神奇宝贝正在进行战斗的事实。
随着达克莱伊和帕路奇犽的战斗，帕路奇犽将小镇带入了自己的时空维度。但正当帕路奇犽想要攻击达克莱伊之时，帝牙卢卡出现并同时对二者发动了攻击。随着战斗的持续，小镇在空间中不断化为虚无。达克莱伊一直试图挡开两方，小镇中的人们借机疏散进入了花园。在东尼欧朗读日记中的一篇文章时，艾莉丝听到了“Oración”一词，这正是她先用草笛吹奏的歌曲。东尼欧指出“Oración能够平息最强烈的愤怒”。他们意识到他们必须利用塔上的乐器化解帝牙卢卡和帕路奇犽的世仇。
在发现音盘后，小智、小光、艾莉丝和东尼欧开始乘热气球赶往塔顶。在半空中，帝牙卢卡对站在气球和它之间的帕路奇犽发动了时之咆哮。帕路奇犽闪避了攻击，使得气球暴露在攻击之下。达克莱伊立即上前挡下了大量攻击。但在帝牙卢卡和帕路奇犽掠过气球时，严重破坏了气球，小智和小光二人只得步行登塔。帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗仍在持续，双方都在积蓄力量，等待着发动最后一击。帝牙卢卡在积蓄力量发动时之咆哮，与此同时，帕路奇犽也在为释放亚空切裂做准备。两者在释放的同时，达克莱伊强行介入了碰撞并在身周形成了能量球体，试图阻挡攻击并吞噬、暂时固定住帝牙卢卡和帕路奇犽。因大舌舔的苏醒而恢复正常的男爵终于相信达克莱伊不是敌人。小智和小光在攀登高塔的过程中，看到达克莱伊的能量球在不断被削弱、缩小，使得帝牙卢卡和帕路奇犽挣脱了束缚。两只龙受够了达克莱伊的介入，同时从两侧发动了攻击。在失去防御力和能量的状况下，达克莱伊勇敢地挡下了毁灭性的一击，并在飘向上空的途中逐渐瓦解。所有人害怕的看着这一幕，他们深知随着达克莱伊的消亡，他们接下来同样会步前者的后尘。东尼欧随即承认，如果二龙的招牌技能再次发生碰撞，他们所在的纬度将会完全瓦解。
小智和小光最终到达了塔顶的乐器处，却发现电力供应中断了。小智的皮卡丘和小光的帕奇利兹全力释放电击，并成功让机器恢复了运转。歌声在小镇仅存的地方响起。在歌声中，时空之塔发出了耀眼的光芒。六座高塔被高迪隐藏的部分被完全展示了出来。紧接着，时空之塔开始生出巨大的金色羽翼。这些羽翼向下折叠并复原了小镇消逝的部分。歌声成功地平复了二龙的情绪，帕路奇犽的伤口也被治愈。帝牙卢卡飞离，帕路奇犽也使鸟语花香的白杨镇重归原状。
之后，众人哀悼着达克莱伊的消逝，并感谢了它的付出。小智和小光流下了眼泪，并认为他们再也不可能与达克莱伊重逢。随着他们的离开，小智突然停步并看到了断壁上的阴影。他和众人都回头看向悬崖。随后他们发现达克莱伊以英雄似的姿态站在时空之塔的塔顶。艾莉丝仅仅拥抱着东尼欧，不仅仅是他们，每个人都为达克莱伊的安然无恙而感到宽慰。众人看向凝视前方的达克莱伊，故事最终在激昂的歌曲声中结束。
片尾演出了一些后续的故事，例如小光参加的神奇宝贝华丽大赛。之后，帝牙卢卡在飞向它的目的地——下一场即将开始的战斗的发生地。小智、小光和小刚即将迎来他们的下一次冒险。
⑸ 宠物小精灵剧场版之超克的时空剧情
【剧情详解】
影片正式开始前，喵喵拿着动画形态的DSi出现，解说下载亚尔修斯的步骤，然后走开。
影片的开场是一束束DNA，达克莱伊等神奇宝贝在疑似为氨基酸的泡泡中出现。画面切换到大海，盖欧卡和玛纳霏游过，然后洛奇亚从水里跃起，飞向高空，又俯冲回海中。急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟从空中飞过，炎帝、水君和雷公在海边的山岩处伫立，固拉多咆哮的身影亦有出现。
一只烈咬陆鲨和一条美纳斯在一座竞技场中战斗，用各种招式相互攻击。对阵的训练家不是别人，正是希罗娜和DP战斗塔大君山棕！
一些草系神奇宝贝坐在一片草地上，一只夜黑魔人出现，用鬼火攻击皮卡丘。皮卡丘和波加曼对夜黑魔人展开还击，引起了爆炸。
帝牙卢卡和帕路奇牙的战斗在一段关于《决战时空之塔》的回忆中出现。在它们交战之时，一架用来显示帝牙卢卡、帕路奇牙、骑拉帝纳、亚尔修斯各自所在时空以及真实世界的仪器——时空仪剧烈震动起来。帝牙卢卡和帕路奇牙的时空相互碰撞，显示出它们的交锋。另一段回忆中出现了日食，亚尔修斯的石板环绕在太阳周围，它的1000只触手伸向太空。镜头回到地面，神奇宝贝的标题从大地中升起。背景音是经改编过的《裂空的访问者》开场音乐。
影片开场。小智一行、皮卡丘和波加曼走过一大片草地。他们来到一条河边，决定下去游泳。在水中，他们看到有西瓜顺水流往下游漂。他们刚捡起一个西瓜来，便看见一个男孩和一个蓝发女孩将网撒到水里。原来他们在用这种方法让西瓜变凉，虽然有几个西瓜漏了出去。小智和平时一样向他们发起了2对2的挑战，这次是皮卡丘和波加曼对阵狩猎凤蝶和赫拉克罗斯。波加曼被赫拉克罗斯的大角顶到空中，狩猎凤蝶迎上去，一枚影子球蓄势待发。皮卡丘跳到半空中，将影子球打回到狩猎凤蝶脸上，随后波加曼用漩涡攻向对面的两只神奇宝贝，将它们击倒在地。战斗结束后大家一起吃了西瓜，然后小智一行离开。
接下来他们来到一座湖边。天空突然裂开，水流涌起形成一股龙卷风似的涡流，将除小刚以外的所有人卷了进去。小刚把小智和小光拉了出来，然而皮卡丘和波加曼却被涡流卷到高空，向天空的裂缝而去。西娜和凯文出现，看到了这一目。西娜开始祈祷，帝牙卢卡从自己的空间出现，将皮卡丘和波加曼从涡流中撞出来。小刚对西娜一见钟情，冲上去抓住西娜的手⋯⋯不对，那个其实是不良蛙的爪子，于是不良蛙又把他毒倒掉了。
骑拉帝纳突然出现，用鬼火向帝牙卢卡发动袭击。两只神奇宝贝战斗了一段时间。西娜试图用她的心电感应力量与骑拉帝纳沟通，但骑拉帝纳在感应世界里回绝了西娜的调停并将她撞开，导致连接中断。小智走到骑拉帝纳面前，问它是否还记得自己。骑拉帝纳盯着小智看了一会儿，然后想起来自己在冰空的花束里载着小智飞的场面，于是暂停了对帝牙卢卡的攻击。西娜与两只神奇宝贝进行交流，消除了它们之间的矛盾。帝牙卢卡在空中转圈圈飞了一会儿，西娜说它对小智能阻挡住骑拉帝纳的攻击非常惊讶。
另一个时空中，一条巨大的裂痕划破空间。现实世界里，又一轮的水之龙卷风形成。帝牙卢卡被涡流卷入无法脱身。帕路奇牙从自己的时空中出现，救出了帝牙卢卡。西娜再次与神奇宝贝们交流，安慰它们的受伤的情绪，两只神奇宝贝于是和好。三只龙系神奇宝贝离开，各自回到自己的时空之中。
小智一行人跟着西娜和凯文来到一个房间里。西娜向他们展示了时空仪，并解释哪一个球体代表着哪一个时空。她说自己和凯文在调查亚尔修斯的传说以及这个镇子的历史。帕路奇牙将阿拉莫斯镇恢复原状时，他们就在镇外。小零的飞船坠毁后，他们二人也曾来到那座冰山前。西娜还把命之宝玉拿出来给大家看，而站在门外的火箭队也一如既往地开始觊觎这块宝物。
突然，时空仪震动起来。代表亚尔修斯所在时空的球体产生了剧烈的反应。太空中，亚尔修斯正在开始苏醒，它冲破了包裹着自己的泡泡。11块石板环绕在它的身边，另外5块不知去向。亚尔修斯将它们全部吸收进自己的身体里。
回到屋子里，西娜和凯文给小智他们看亚尔修斯的传说，按照一定格式印在玻璃上的传说情节如幻灯片般出现在瀑布一样的展示屏上。传说讲述了达莫斯如何从亚尔修斯处偷走命之宝玉、命之宝玉由亚尔修斯的五块石板构成、达莫斯从亚尔修斯处借得宝玉并使米琪那镇变得美丽起来等事情。
时空仪的震动变得更加激烈。外面的天空中，黑云聚集起来，一道金色的缝隙打开。亚尔修斯很快从缝隙里出现，随即立刻发动了制裁攻击。制裁攻击的能量像烟花一样射向空中，又如雨点一般降落在米琪那。这堪称神奇宝贝历史上最暴力的一幕中，数以百计的光团轰炸了整个城市的每一个角落，处处都是崩塌瓦解的景象，场面相当壮烈。
亚尔修斯俯瞰着一座神殿，看到达莫斯向它跑来。那并不是真正的达莫斯，但亚尔修斯感觉到有一个类似于达莫斯的人正向它靠近。西娜跑出来，向亚尔修斯跑去，将命之宝玉呈到它面前。亚尔修斯平静了一些，走近来检查宝玉，而西娜则为终能将其物归原主而激动不已。火箭队在一旁争论应该让谁去偷命之宝玉。但在亚尔修斯的面前，他们最终决定要是不想被打得很惨的话，还是不要偷它为妙。
亚尔修斯看到归还的宝玉很感谢，但仔细检查之后，它却用自己的蹄子将宝玉踩得粉碎，并说这是假的。西娜惊呆了。亚尔修斯发动了一些类似火系的攻击，凯文叫大家快逃，自己站在攻击前面保护大家，骑拉帝纳从自己的时空及时出现并挡下了这一击。亚尔修斯继续发动攻击，遗迹被打开了一个口子，处处尘土飞扬。火箭队从山顶掉进了山中间的水里，又顺着瀑布被冲到了山脚下。
骑拉帝纳对亚尔修斯发动了攻击，但亚尔修斯切换了属性并完全防御了这一击。帝牙卢卡和帕路奇牙出现，同样用各自的招式攻击亚尔修斯，但也因亚尔修斯的属性切换而落得徒劳无功。亚尔修斯想再次对人类们展开袭击，但皮卡丘的电流却对它产生了效果。凯文解释说这是由于亚尔修斯缺少了闪电石板所致，电系攻击可以对它造成伤害。帕路奇牙使用了水系的招式，也成功地削弱了亚尔修斯。在之前的战斗中被打落在地的帝牙卢卡身侧的蓝色条纹开始发光，除凯文以外的大家瞬间被传送到了过去的时光之中。
他们所到达的过去是一个夜晚，日食正在进行。亚尔修斯从空中出现，降落在一座由火光照亮的神殿前，与应在这一天交还命之宝玉的达莫斯会面。镜头里没有出现达莫斯的脸，大致是由于他是被控制着的。达莫斯拿着命之宝玉，让亚尔修斯跟他来，于是它跟着他来到了神殿的中心。西娜和大家从顶上观察着一切。突然，几十只穿着纪辛使用的装具的神奇宝贝开始用电系招式袭击亚尔修斯。亚尔修斯不明白这是怎么一回事，它质问达莫斯这是在干什么。达莫斯的眼睛里没有任何光彩，他被操纵着走到纪辛、席多蓝恩以及青铜钟所在的高处，并放开了庙顶挂着的吊灯烛台，砸向了亚尔修斯。接着，达莫斯又引动巨石，残忍地将亚尔修斯埋在了石砾之下。与此同时，那些神奇宝贝们也并未停止对亚尔修斯的电气攻击。但身受重伤的亚尔修斯仍然轰开了石块，达莫斯与纪辛也因此昏死过去。命之宝玉与二人一起被埋在了碎石之下。西娜等人也掉了下去，但西娜向仍在现在世界的帝牙卢卡祈祷，让它将他们送到更远一点的过去，于是帝牙卢卡又一次传送了众人。
现在的世界中，战斗仍在继续。帝牙卢卡最终不支倒下，无力再为小智等人进行时间传送。火箭队不停地被水流冲来冲去，而神殿和城市也在轰炸中变得越来越残破不堪。
过去的世界中，西娜等人一落地便被席多蓝恩、青铜钟以及一群守卫包围了。帝牙卢卡把他们送到了同一天的下午。青铜钟对西娜以外的所有人使用了某种招式，让他们全部陷入了昏睡之中。锯齿耳皮丘远远地看着这一切，然后跑进了一座建筑里。下一个镜头中，皮卡丘和波加曼被装在一个袋子里扔进了牢房里，周围全是强大的、睡着的神奇宝贝。它们就是当晚会去袭击亚尔修斯的神奇宝贝。一只雷电兽醒来，威胁新来的这两只家伙保持安静，然后又睡着了。皮丘从一个洞里出现，叫皮卡丘和波加曼跟它走。皮卡丘和皮丘互相蹭蹭尾巴打招呼，波加曼也有样学样，结果被电到。
小智等人被关进了牢房，与此同时他们渐渐苏醒过来。过了一会儿，他们发现达莫斯也在这间牢房里。小智冲达莫斯嚷起来，指责他的所作所为，但达莫斯根本不知道小智在说什么，因为那些事情当时还没有发生（再说达莫斯当时是被纪辛的青铜钟操纵着的）。小智把宝贝球拿给达莫斯看，还放出了猛火猴，告诉达莫斯这是叫做神奇宝贝的生物。但达莫斯却只知道它们是“怪兽”。
西娜和纪辛以及他的两只神奇宝贝一起享用着一顿相当丰盛的晚餐。纪辛对西娜说的关于亚尔修斯的事情很感兴趣，因为之前她曾试图告诉守卫们未来将要发生的事情。西娜向纪辛解释达莫斯必须把命之宝玉归还给亚尔修斯，否则亚尔修斯将会受伤，而未来世界将遭受毁灭之灾。
与此同时，皮丘、皮卡丘和波加曼穿过几条通道，逃进了一间厨房里。那里有个厨子正在命令一只菊草叶切面团，并叫一只火球鼠保持炉火旺盛。两只神奇宝贝的样子都很疲倦，它们显然不喜欢那个使唤它们的家伙。波加曼不小心从通道里掉了下去，弄得一堆陶器飞得到处都是。其中一件陶器卡在了波加曼的脑袋上，它向那名厨子走去，看似怪兽的样子吓得那人尖叫起来，撒腿就跑。没跑几步他的头就撞在了一个锅上，很有喜感地昏了过去。皮丘和皮卡丘用钢铁尾巴打坏了菊草叶和火球鼠身上的装具，眼见那厨子快要醒了，大家赶紧从厨房里逃了出去。
现在的世界中，火箭队又一次从山上掉下去，他们发现了一座古老的厨房里被泥土包裹的陶器。喵喵拿起一个陶器扣在头上。帕路奇牙又一次成功地削弱了亚尔修斯。
牢房里，达莫斯听完小智他们的话之后非常恼火，并说自己在很久以前帮助过亚尔修斯。回忆中，达莫斯走在一片荒凉的大地上，漫天的雪花落在每一个角落，似乎已经有许多庞大的陨星袭击过这片土地。然后达莫斯抬起头来，看到天空中最为巨大的一颗陨星正向地球袭来。亚尔修斯从它自己的时空出现，向那颗陨星飞去。它的石板从身体里分离出来，环绕着它形成一面强大的屏障。亚尔修斯撞向了陨星，尽管与陨星的比起来它的体型小得简直与蝼蚁无异。撞击引起了史无前例的巨大爆炸，陨星在与亚尔修斯的撞击中被彻底地粉碎，然后在遥远的大气层中纷纷瓦解。
地面上，亚尔修斯已是奄奄一息。神奇宝贝们围着它，保护着它，牵挂着它的安危。有只隆隆石自己在雪天里也很难过，却毫不介意。达莫斯使用和西娜一样的精神力试图与亚尔修斯交谈，然而却没有光从它的身上发出来。达莫斯更加努力地尝试，终于发现有一点点光指向很远的地方。达莫斯沿着光所指的方向走去，发现了亚尔修斯的一块石板。把那石板带回给亚尔修斯的时候，它依然一动不动，但其他的石板们从地上浮起，飞回到亚尔修斯身边，并融进它的身体里。重新得到生命力之源的亚尔修斯复活过来，它从大地上浮起，而太阳也随之冉冉上升，场面非常美丽。
亚尔修斯询问了达莫斯的名字，并向他表示感谢。它向达莫斯展现了他们脚下的这片土地可以变成什么样子。那片荒芜的土地在亚尔修斯的图景里变成了遍满植物，树木和水流的美丽之土。它将石板召唤出来，从环绕在身边的石板中取出五枚，制成命之宝玉交给达莫斯。达莫斯将命之宝玉举到空中，脚下的土地立刻变得繁荣起来。达莫斯感动得流出了热泪，再一次向亚尔修斯致谢。接下来，人们来到了这片土地上。达莫斯向一位和肯泰罗一起犁地的人打招呼。亚尔修斯告诉达莫斯，它现在要走了，让他在下一次日食它苏醒的时刻交还命之宝玉。如西娜他们之前所见，宝玉并未被如约归还。牢房里面，大家现在都明白了达莫斯不是坏人。
晚餐桌上，西娜仍在谈着未来的事情。纪辛告诉西娜自己明白目前的状况，并会努力阻止达莫斯。席多蓝恩站在墙上，而青铜钟则就在纪辛身后。纪辛走到一个角落里，原来命之宝玉其实在他手上。他将宝玉取下放进自己的衣服里，然后将空手杖交给西娜，让她今晚把宝玉交还给亚尔修斯。
波加曼、皮丘和皮卡丘仍在跑来跑去。它们跑过了一堆盛着热铁水的桶，终于来到了挂着牢房钥匙的房间，然而房间里有人把守。波加曼、皮卡丘和皮丘挂成一串却仍够不到钥匙。这时，一只小锯鳄走进门来，笑了笑，将钥匙喷给了它们。终于拿到钥匙了！
现在的世界里，亚尔修斯已经严重毁坏了当地的一切东西。火箭队看着亚尔修斯与鬼龙交战，忽然亚尔修斯的一记攻击打偏，将山侧面打开了一道裂缝。武藏发现命之宝玉卡在一面墙里，并将它弄了出来。亚尔修斯又一次使用了制裁，给已经破败不堪的世界再度雪上加霜，火箭队也又被打到了山下。
牢房里，一盏烛光轻轻摇了摇，达莫斯感觉到有谁向他们走来。是他的皮丘带着钥匙来了！锯齿耳皮丘将钥匙交给达莫斯，达莫斯谢过他的神奇宝贝出色的表现。一行人逃出了监狱。
入夜，亚尔修斯来到了真实的世界中，降落在神殿前来从达莫斯处取回命之宝玉。西娜请它进入神殿中，告诉亚尔修斯她将代替达莫斯奉还命之宝玉。她打开了手杖，里面自然空无一物，宝玉早已被纪辛取走。此时，纪辛的神奇宝贝们开始用电系招式对亚尔修斯发动攻击。悲剧再次重演，而这次更是有成桶的铁水浇在亚尔修斯身上，使它所受的伤害更为严重。亚尔修斯无法摆脱铁水的袭击，它挣扎着发动攻击。西娜险些掉下去，却被达莫斯接住。她仍以为达莫斯是坏人，努力想挣脱，但达莫斯用心电感应向她解释了一切，两人相视而笑。
达莫斯与西娜想跑到神殿顶上去阻止纪辛，却有一股铁水向他们涌来。小刚及时出现，让胡说束使用大木棰打坏地面，使铁水转向下方流去。与此同时，小智也跑上来阻止纪辛，却被席多蓝恩和青铜钟阻挠。皮卡丘攻击席多蓝恩却不见效果，于是波加曼上前使用泡泡助阵，将席多蓝恩从墙上打了下来。席多蓝恩和青铜钟都使用过保护。
亚尔修斯仍被电系招式攻击着，而逐渐凝固的铁水几乎要将它整个掩埋起来。西娜和达莫斯一同使用了他们的精神力量，让所有神奇宝贝不要再伤害亚尔修斯。席多蓝恩与青铜钟也停止了进攻，皮卡丘破坏了它们身上的装具，两只神奇宝贝掉转矛头向纪辛攻去。
小智与纪辛展开了搏斗，却无法拿到命之宝玉。城都三主角和小拉达此时出现，向纪辛发动攻击，将命之宝玉打落。命之宝玉在地上滚起来，菊草叶试着去抓却没抓到，小智跳下去用腿接住宝玉，玉却还是滑落了，最后是皮卡丘赶到下面抓住了它。他们将命之宝玉带到亚尔修斯面前，亚尔修斯却已经完全凝固了，如一具封在柏油里的标本一般。它还活着，却完全动弹不得。它的眼睛张着，却做不出任何反应。
达莫斯与西娜试着与亚尔修斯交流，然而怒火已经在它周围形成了一道精神的屏障，两人都无法突破。西娜被打飞了，但达莫斯仍在继续努力。他在努力让凝固在金属中的亚尔修斯冷静下来，而与此同时小智、小光、皮卡丘、波加曼和西娜却开始消失了。这样看来，只有亚尔修斯活着他们才能活下去，而如果亚尔修斯死去，他们也会在未来中死去。皮卡丘彻底地消失了，小智也消失了一半。这样的情形下，每个人和神奇宝贝都充满了悲伤。
好在达莫斯终于让亚尔修斯冷静了下来，与此同时，命之宝玉重新变回了五片石板，融入亚尔修斯的身体中。一道美丽的金色光芒笼罩了亚尔修斯，然后射向空中，亚尔修斯得以重获自由。它已经彻底冷静了下来。小智和其他人都回到了正常的状态，皮卡丘也重新出现了。亚尔修斯小智和皮卡丘的名字是什么，随后将过去世界里的米琪那镇恢复到原貌。亚尔修斯将所有人传回现在的世界，并回到自己的时空之中。
现在的世界里，帝牙卢卡、帕路奇牙和骑拉帝纳都被击倒了。小智他们返回的时候，一切看似已经平静下来。既然过去的世界中亚尔修斯已经平静下来，是不是现在它平静下来了呢？事实并非如此。亚尔修斯向空中发射了一大束制裁的能量，攻击眼看就要向地上的万物落去。小智大叫起来，叫亚尔修斯回想一下他是谁。镜头向上移到亚尔修斯的眼睛处——“小智⋯⋯皮卡丘⋯⋯”被小智等人改变的过去，以及期间发生的种种事件提醒了亚尔修斯现在已经一切都好了。它中止了制裁的攻击，复活了帝牙卢卡、帕路奇牙和骑拉帝纳，三龙皆飞到亚尔修斯身边。然后亚尔修斯又还原了米琪那镇。大家都安然无恙了，三条龙也向各自的时空飞去。
电影开始时出现的一块石板上的传说，如今已被完全改写。
片尾曲中，此后纪辛在达莫斯的手下工作。阿拉莫斯镇上，爱丽斯与托尼欧乘着爱丽斯的热气球，而男爵则乘着他自己的热气球经过。达克莱伊在远处看着他们，然后潜回地面之中。小零进了监狱，无限带着一张全息图（类似于《逆袭》中出现乔伊的卡片）来探望他。茵菲从全息图上出现，让小零非常惊喜。无限成功地从飞船里恢复了茵菲的数据。洁咪依然呆在树洞里，在日出时分钻出来。火箭队偷了一个西瓜，却不幸发现那是个雷电球，然后被雷电球的爆炸轰飞。